El IDE que he utilizado para crear aplicaciones .NET tanto MVC como WebForms (y asp clasico) como WEB API ha sido siempre Visual Studio.

Actualmente desarrollo con Visual Studio 2015 (actualizado de la versión express a la community) en C# y VB.NET aunque tengo experiencia en FrameWorks más antiguos de sus versiones 2005 (FrameWork 2.0), 2008 (FrameWork 3.5), 2010 (FrameWork 4.0) y 2012 (FrameWork 4.5).

Visual Studio 2015 community permite manejar proyectos de versiones anteriores aunque mi opinión es no realizar una conversión a una versión más actual de FrameWork hasta no estar totalmente seguro para evitar incompatibilidades.

Suelo depurar C# y VB.NET, y Razor como motor de vistas en el caso de MVC, con Puntos de interrupción y las Ventanas de Inmediato y Variables Locales.

Para la depuración de Javascript ejecutado en Internet Explorer uso el IDE y su intellisense, y la consola de Chrome Developer Tools y Fire Bug para Chrome y FireFox respectivamente.